oligo怎么使用？oligo软件使用教程

oligo是一款专业的引物设计软件，新用户可能看到图表就蒙圈了，别，这里有完整版使用教程，一起来学习一下吧~

oligo使用教程

Oligo 5.0的初始界面是两个图：Tm图和ΔG图;Oligo 6.0的界面更复杂，出现三个图，加了个Frq图。

“Oligo”的功能比“Premier”还要单一，就是引物设计。但它的引物分析功能如此强大以至于 能风靡全世界。oligo的下载和安装我就不多说了，打开oligo相信也无需多讲。打开oligo的页面如下：

单击file菜单再点open或点击“打开”快捷图标或者用快捷键“CTrl+O”可打开下面的窗口

在打开的OPEN窗口内选择FreqSeq再点“打开”

选择drosfr或者其它一个文件点击“打开”

出现以下窗口，点击“window”再点击“Tile”

出现以下窗口，图中显示的三个指标分别为Tm、ΔG和Frq，其中Frq是6.0版本的新功能，为邻近6至7个碱基组成的亚单位在一个指定数据库文件中的 出现频率。该频率高则可增加错误引发的可能性。因为分析要涉及多个指标，起动窗口的cascade排列方式不太方便，可从windows菜单改为tile 方式。如果觉得太拥挤，可去掉一个指标，如Frq，这样界面的结构同于Oligo 5.0，只是显示更清楚了。

∆G值反映了序列与模板的结合强度，最好引物的∆G值在5’端和中间值比较高，而在3’端相对低(如图：) Tm值曲线以选取72℃附近为佳，5’到3’的下降形状也有利于引物引发聚合反应。Frq曲线为“Oligo 6”新引进的一个指标，揭示了序列片段存在的重复机率大小。选取引物时，宜选用3’端Frq值相对较低的片段。

再点击Search再点“Fo'r Primers and probes”或使用快捷键F3

出现以下窗口，点OK就OK了。当然你也可以点击“Prameters”和“Search Range”选择你要的参数和你上下游引物的位置及你扩增产物的长度。

出现Search Status窗口，点“OK”

出现Primer pairs窗口，#代表引物对的编号，依次为引物对所处的位置、产物的长度、最适合的退火温度、和GC的百分含量

点击任一行出现“PCR”窗口，告知你扩增片断的位置，最合适的退火温度等等信息。

关掉“PCR窗口”和“primer Pairs窗口”回到原来的窗口你就能看到你引物的序列和位置，图中手型鼠标所指即为引物序列。

至此引物设计已经完成，你可以用“Analyse”菜单分析你的引物：有无引物二聚体、发卡结构等等。

当上下游引物全选好以后，需要对引物进行评价并根据评价对引物进行修改。